Keberadaan Desa Palapi, mempunyai latar belakang tersendiri, yaitu merupakan Desa pemekaran dari Desa Taopa Tahun 1968 menurut keterangan yang telah lama berdomilisi di Desa Palapi, bahwa kata Palapi berasal dari satu Pohon Kayu yang besar yang bernama Kayu Palapi, yang tumbuh di tengah hutan pada perkampungan Desa Palapi. Desa Palapi sebelum menjadi Desa masih berstatus Boya yaitu bagian dari Desa Taopa sebelah Barat. Adapun susunan yang menjabat Kepala Desa sejak  berdirinya Desa Palapi adalah sebagai berikut :

1. Yohanis Kahu, pada Tahun 1968 selama 6 [enam] bulan.
2. SM Hippi, pada Tahun 1968 selama 6 [enam] bulan.

Kedua Kepala Desa yang menjabat tahun yang sama masih menjadi pejabat sementara. Pada tahun 1969 Kepala Desa Palapi sudah definitif.

Adapun bentuk Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Desa Palapi Kecamatan Taopa Kabupaten Parigi Moutong dengan menggunakan struktur pola maksimal sesuai PERMENDAGRI Nomor 83 Tahun 2015 serta diperkuat dengan Perda Kabupaten Parigi Moutong.